《风色幻想6》延续了《风色幻想5》结局后的发展，由于3年前在赤月战争中，世界因为利奇曼冒险旅团一行人的努力，免于走向灭亡的命运。从这一刻开始，原先不被人们所尊崇的冒险猎人组织，也因为世人的观念改变，一夕之间变成最为热门的行业，对于冒险猎人来说，属于他们的黄金时代终于来到了！然而这次《风色幻想6》的故事就是发生在紫夜奇迹之夜过后的三年，一个名唤“黑之团”的冒险旅团上，从他们接到对付知名的侠盗集团——苍鹰团展开游戏的序幕。